为方便大棚火龙果苗嫁接操作，培育砧木苗时常用宽窄行法，正常宽行为60厘米，窄行40厘米，株距为15 - 20厘米。对于只培育实生苗但不进行嫁接的可适当密些，即宽行50厘米，窄行30厘米，株距25厘米，每亩出苗6000 - 7000株，最多不超过8000株。在准备种子时可多准备5% - 10%，以便剔除霉烂、空壳的种子，或出苗后发现缺株严重时补种。
一般当年生的苗在环境较好的情况下，可以达到80厘米高，根基直径2厘米左右，即可作砧木用。核桃播种后20天左右开始发芽出土，40天左右苗木就可出齐。要想培育出健壮的砧木苗，就必须加强苗期管理工作。火龙果苗盛花期，每批出现的花蕾数都较多，在每枝留不同方位的2～3个强壮花蕾，其他的全部疏除。检查出苗尤其对于春播覆膜的种子，要注意随时检查：发现嫩芽顶在薄膜上时，应及时调整嫩芽的生长方向，否则会导致嫩芽生长歪曲，甚至出现顶芽被高温烫坏或出现二三叉分支的情况，从而影响当年的芽接。